소관 부처인 공정위는 개정안에 대해 보다 심도 깊은 논의과정을 거쳐 입법 여부를 결정해야 한다며 우려를 표했다.개정안 내용이 가맹사업 전반에 큰 영향을 미칠 수 있는 만큼, 정부 부처 및 이해관계자에 대한 충분한 의견 수렴과 협의 과정을 거쳐 법안을 처리해야 한다는 것이다.한기정 공정위원장은 개정안이 원안대로 통과될 경우 여러 점주 단체의 반복적인 협의 요청에 따른 가맹본부 부담 증가와 갈등 심화, 관련 산업 위축 등 부작용이 우려된다고 지적했다.공정위는 특히 협의 의무제 도입과 관련해서는 단계적 접근이 필요하다는 입장이다.가맹점주 피해가 가장 많은 필수품목 지정과 관련한 협의 의무를 먼저 도입하고, 제도 운용 상황을 점검하며 점차 협의 대상을 늘려가야 한다는 게 공정위의 주장이다.조홍선 공정위 부위원장은 백브리핑에서 개정안에 무조건 반대한다는 것이 아니라 세부 내용에 대한 추가적인 검토와 스터디가 필요하다는 것이라며 가맹본부와 가맹점주 양쪽이 윈-윈 할 수 있는 방안을 모색해보겠다는 취지라고 설명했다.현재 가맹점주 입장에서 가장 문제가 되는 필수품목 관련 문제에 대해서는 이미 협의제를 추진 중"이라며 "이 제도를 먼저 시행하면서 단계적으로 다음을 고민해보자는 것이라고 부연했다.업계에서는 개정안의 내용이 지나치게 포괄적이고 빈틈이 많다는 비판도 제기된다.점주 단체 인정 기준과 협의 의무의 구체적인 내용 등을 대통령령에 위임했지만, 법안 통과 이후 시행까지 시간이 많지 않은 만큼 하위 규정 마련도 졸속으로 처리될 수 있다는 우려가 나온다.사업자 단체 등록 기준이 낮아지는 경우 복수 사업자 단체가 만들어지는 등 부작용이 발생할 수 있다는 지적도 제기됐다.전국가맹점주협의회와 한국중소상인자영업자총연합회, 참여연대 민생희망본부 등은 공동으로 발표한 논평에서 가맹점주들의 협상권을 보장해 거대 본사의 불공정행위 및 갑질 등으로부터 보호받을 수 있는 법안이라며 직회부를 환영한다고 밝혔다.가맹사업법 개정안은 계약거래상 을들의 권리를 보장하는 상생협의 6법의 시작이라며 본회의에 상정돼 21대 국회에서 처리되도록 끝까지 지켜볼 것이라고 덧붙였다.
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